El área protegida del Parque Nacional Río Dulce tiene varias áreas que han sido degradadas por la deforestación o incendios forestales, las cuales son restauradas durante el año, por medio de campañas de reforestación, coordinadas por el Consejo Nacional de Áreas Protegidas (CONAP) Región Nororiente.

En la actualidad se cuenta con dos viveros: Vivero Agroforestal Castillo de San Felipe y el otro Vivero Agroforestal Hacienda Tijax, ubicados en la zona de uso intensivo. en estos viveros se trabaja únicamente especies nativas y endémicas del área protegida.

El personal técnico es el encargado de gestionar los recursos a utilizar y los guardarecursos realizan la labor de recolección de semillas en campo, identificando y seleccionando árboles semilleros como Caoba, Cedro, Santa María, Matilisguate, Palo Blanco, Icaco, Conacaste, Chico, Jocote Fraile, entre otros, quienes también se encargan de la preparación, desinfección y desinfestación de la tierra para evitar enfermedades en las plantas desde su siembra hasta su crecimiento.

El objetivo de estos viveros es producir árboles para la restauración de áreas protegidas, se producen ocho mil plantas cada primer semestre del año para después ser utilizados durante el plan de reforestación, en donde se siembran de 5 a 6 hectáreas anualmente y así enriquecer el paisaje forestal del Parque Nacional Río Dulce.